Pools para frenar a Delta
Investigadores de la Universidad Nacional de San Luis adaptaron la metodología de detección por PCR en pools -que acelera los testeos economizando recursos- a la vigilancia de casos de la variante más contagiosa del SARS-CoV-2. La clave del desarrollo fue la identificación de una similaridad genética entre Delta y el virus original de Wuhan.
El protocolo de detección desarrollado en San Luis ya concitó la atención de autoridades sanitarias de otros distritos. Foto: Belova59/Pixabay.
Delta es, desde hace un par de meses, el desvelo de las políticas de vigilancia epidemiológica en la Argentina, traducido en restricciones al ingreso de viajeros y en medidas de control sobre el aislamiento que éstos deben cumplimentar y que se demostraron fatalmente insuficientes. La variable de mayor transmisibilidad del SARS-CoV-2 permeó esas barreras; ya se contabilizan oficialmente al cierre de esta edición 202 casos en todo el país y en al menos diez de ellos no se pudo establecer el nexo con viajeros. Además, este domingo falleció en Córdoba el llamado “paciente cero”, y el lunes, una mujer que había sido contacto estrecho de este hombre que infringió la cuarentena y contagió a otras 35 personas.
Con Delta definitivamente al acecho, se torna imperioso sumar a la carrera contrarreloj del plan de vacunación una estrategia más eficaz de detección. Con ese objetivo, investigadores de la Universidad de San Luis retomaron la metodología de testeos por pooling ideada el año pasado por el grupo de investigadores que lidera el químico analítico Roberto Etchenique y la adaptaron para la vigilancia y detección de la variante Delta.
“Veníamos trabajando en pruebas de PCR específicas para las variantes, que funcionaron bien, y vimos que podíamos complementarlas con el método de pooling”, explica Maximiliano Juri Ayub, profesor de Biología Molecular en la Universidad Nacional de San Luis e investigador del CONICET en el Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis (IMIBIO). “Pensamos en el mismo abordaje de pools que había diseñado Etchenique, que está pensado para una prevalencia negativa. En este caso, todas las muestras son positivas, y lo que buscamos es la variante, pero el principio es el mismo”.
La centralidad del método de pools está en su economía. En una formulación estándar, supone analizar las muestras de 100 individuos dispuestas en una cuadrícula, mezclando en un mismo receptáculo las diez de cada fila y las diez de cada columna. Con solo 20 determinaciones se obtienen 100 resultados. Si hay un positivo (o dos y hasta tres), lo indicará la intersección de esta fila y aquella columna. La ecuación es sencilla: la metodología de pools supone invertir una quinta parte de los recursos que demanda el testeo individual.
Rápido y económico, el método se transforma ahora en una herramienta para detectar la temida variante B.1.617.2, originada en la India. “La secuenciación tiene dos limitantes –explica Juri Ayub–. Una es logística, porque no secuenciás en todos lados. Después, está la cantidad limitada de muestras que podés secuenciar. Si muestreás solo diez, cuando confirmás ese 10 por ciento de prevalencia ya es tarde. Si desde las provincias enviamos a secuenciar recibimos el resultado tres o cuatro semanas después, y cuando te enterás, la variante ya está circulando. Ahora, si muestreás 100, la capacidad de detección lógicamente mejora y podés detectar a tiempo ese uno o dos por ciento de prevalencia”.
Ahora bien, el trabajo de Juri Ayub y sus colegas apuntaba inicialmente, a fines del año pasado, a detectar el ingreso de la variante del Reino Unido, pero la demora en el acceso a reactivos –y el relajamiento de los controles a viajeros, intensificados luego para Delta– no les permitió implementar a tiempo ese protocolo de detección. Cuando lo tenían listo, ya había circulación comunitaria de Alfa.
“En ese momento habíamos armado un grupo grande, con gente del INBIRS, del IQUIBICEN, del Instituto de Cálculo y el Sistema Nacional de Vigilancia de la Salud, además de los investigadores que trabajamos en la metodología de pools, buscando la mejor manera de detectar la variante del Reino Unido”, repasa Etchenique, profesor de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la UBA e investigador del CONICET en el Instituto de Química Física de los Materiales, Medio Ambiente y Energía (INQUIMAE). “Maximiliano empezó a hacer pruebas y dieron muy buenos resultados pero, en el ínterin, Alfa entró y rápidamente empezó a circular. Contrariamente a lo que creíamos, no llegó a ser una variante importante, porque inmediatamente entró Manaos, todavía más contagiosa, y se impuso.”
El proyecto quedó en estado de latencia hasta hace dos meses, cuando Juri Ayub propuso hacer lo mismo para Delta, con una particularidad: el investigador puso el foco en una similaridad genética de esta variante con el virus original. “Entonces, como las variantes que circulan en el país son principalmente Manaos, la variante Andina y un poco la de Reino Unido, y como Delta es parecida a Wuhan, que ya no circula, surgió la idea de hacer el pooling con los primers de la variante original y de esa forma, si aparece algo, lo más probable es que se trate de Delta, y entonces se procede a la secuenciación completa”, resume Etchenique.
En la técnica de amplificación enzimática de ADN mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), se utilizan primers u oligonucleótidos cuyo diseño define la región del genoma viral que será amplificada. El trabajo del equipo del IMIBIO se focalizó en las “deleciones” específicas que presenta en la proteína Spike cada una de las variantes de SARS-CoV-2, es decir, un fragmento de ADN que está en el virus original de Wuhan pero que se “borró” en las variantes Alfa (Reino Unido), Beta (Sudáfrica) y Gamma (Manaos).
“Wuhan ya había dejado de circular en el país. Entonces, agregamos la variante Delta a este esquema de deleciones, y observamos que Delta carece de esta deleción que está presente en las otras, en esa región específica del genoma. Por lo tanto, consideramos que la ausencia de deleción, es decir, la presencia de ese fragmento de nueve nucleótidos, como se presenta en Wuhan, pero ya sin circulación del virus original, era un buen indicador de Delta”, explica el investigador puntano.
Todos los miércoles, entonces, Juri Ayub va al Laboratorio de Salud Pública Provincial “Dalmiro Pérez Laborda”, donde le separan cien muestras positivas de SARS-CoV-2 de la semana epidemiológica anterior. Entre jueves y viernes, las procesan en pooling y obtienen los resultados, hasta ahora, siempre negativos: en San Luis no se han registrado aun casos de Delta. “Si esa deleción está, no es Delta. Si aparece, se realiza una segunda PCR confirmatoria contra otra región de la variante Delta, que ya no es en pool, y que pudimos terminar de poner a punto y validar cuando desde Córdoba nos cedieron muestras de la variante”.
El protocolo de detección desarrollado en San Luis ya concitó la atención de autoridades sanitarias de otros distritos. “Ya vinieron de Formosa, en una camioneta de la policía, y se llevaron una alícuota de primer y sonda que les convidamos –detalla Juri Ayub–, y en estos días comenzaron las pruebas. Y también nos han consultado desde Mendoza.”
El método de vigilancia y detección de Delta por PCR en pooling ya fue validado por el Laboratorio VacSal del Instituto de Biotecnología y Biología Molecular de la Facultad de Ciencias Exactas de la Universidad Nacional de La Plata, donde se dieron los primeros pasos en la aplicación del modelo diseñado por Etchenique, ahora para el reconocimiento específico de esa variante de preocupación.
Etchenique confirma que Daniela Hozbor, directora del Laboratorio y otra de las investigadoras involucradas en el desarrollo de la metodología de pooling, ya está en conversaciones con el Ministerio de Salud de la Provincia de Buenos Aires, cuyas autoridades evalúan los beneficios de esta estrategia de rastreo. La idea, sostiene, es replicarla en otros laboratorios de vigilancia epidemiológica del conurbano y el interior bonaerense, concretamente en los que funcionan en las universidades de Hurligham, Quilmes y Mar del Plata.
El jueves pasado, como parte del Seminario “La Ciencia ante la Covid-19” que organizan el Instituto de Cálculo y el de Ciencias de la Computación, el investigador del IMIBIO expuso la iniciativa ante sus colegas. Allí, Daniela Hozbor puso de manifiesto las urgencias que rodean un proyecto como éste en medio de una crisis sanitaria inédita. Se trata de una metodología de vigilancia óptima para el contexto de baja prevalencia de la variante que se quiere detectar, para frenar su circulación comunitaria. Con Alfa se llegó tarde. Con Delta, advirtió Hozbor, “es ahora”.
